Pierwszy koncert orkiestry symfonicznej Robotniczego Towarzystwa Muzycznego, bezpośredniej poprzedniczki zespołu Filharmonii, odbył się 25 października 1948 roku. Wówczas rozpoczęła się regularna praca nad kształtowaniem poziomu artystycznego i repertuaru. Muzycy orkiestrowi grali i ćwiczyli w przeróżnych miejscach. Pierwsze koncerty kameralne odbywały się w kinie Bałtyk, Państwowych Zakładach Konfekcyjnych i remizie tramwajowej. Początkowe próby dzielenia siedziby z Miejską Radą Narodową (dzisiejszy budynek Urzędu Miasta) kończyły się odstępowaniem sali symfonicznej na rzecz spotkań o wadze państwowej.

Pod koniec roku 1953, 15 grudnia, orkiestra stała się Państwową Filharmonią w Szczecinie, stąd koncert Kurzak | Alagna inauguruje jubileusz sześćdziesięciopięciolecia instytucji. W dziesięciolecie swego istnienia (1958) otrzymała ona patrona – Mieczysława Karłowicza. Licząca wówczas ponad osiemdziesięciu muzyków orkiestra nadal gościła w gruntownie zaadaptowanej i wyremontowanej sali przy dzisiejszym pl. Armii Krajowej. Jej ściany wyłożono boazerią z drewna orzechowego, zamontowano też najnowocześniejsze w tym czasie oświetlenie jarzeniowe. W tej „tymczasowej” siedzibie, liczącej ok. 450 miejsc, grano aż do roku 2014.

Filharmonia rozwijała się również pod względem artystycznym. Sprzyjało temu długoletnie kierowanie zespołem przez Józefa Wiłkomirskiego (1955-1971) oraz Stefana Marczyka (1971-1990). Kolejnymi szefami artystycznymi byli: Jarosław Lipke (1990-1994), Józef Radwan (1994-1996), Jerzy Salwarowski (1996-2003), Zygmunt Rychert (2003-2009) i Mykola Diadiura (2009-2012).

Niezwykle popularne stały się kolejne proponowane przez filharmoników cykle: „Muzyka XX wieku” prezentująca twórczość Siergieja Rachmaninowa, Dymitra Szostakowicza i Mieczysława Karłowicza oraz „Jazz w Filharmonii”. Lata sześćdziesiąte i siedemdziesiąte XX wieku to również okres nawiązywania cennych dla instytucji kontaktów. Do Szczecina przybywało wielu wybitnych solistów ze wszystkich kontynentów. Zaczęto gościć najwybitniejsze orkiestry krajowe i zagraniczne. Np. największą gwiazdą sezonu artystycznego 1970/1971 była Wielka Orkiestra Symfoniczna Radia i Telewizji z Moskwy pod kierunkiem Genadija Rożdżestwieńskiego.

Z kolei lata osiemdziesiąte przyniosły wprowadzenie do repertuaru muzyki operowej. Z udziałem szczecińskich filharmoników melomani usłyszeli m.in. „Traviatę”, „Makbeta” i „Nabucco” Giuseppe Verdiego, a także poznali najważniejsze dzieła kantatowo-oratoryjne, wykonywane przy udziale kierowanego przez Jana Szyrockiego Chóru Akademickiego Politechniki Szczecińskiej. Wówczas zadebiutowali uznani dziś kompozytorzy szczecińscy: Marek Jasińki i Janusz Stalmierski. Zaczęto również przypominać dzieła dawnych związanych z miastem, przede wszystkim Carla Loewego. Wspomnieć trzeba o legendarnym dyrygencie, Walerianie Pawłowskim, związanym z Filharmonią przez ponad trzydzieści lat.

Orkiestra szybko zaczęła koncertować również poza swoją siedzibą i brać udział w letnich koncertach promenadowych w Międzyzdrojach i Świnoujściu, a także w festiwalach. Niebawem zaczęła też występować na estradach krajowych i zagranicznych, m.in. w Niemczech, Czechach, we Włoszech, w latach późniejszych również w Danii, Holandii, na Łotwie, w Szwecji, we Francji itd.

Z wejściem w nowy wiek filharmonicy coraz silniej odczuwali potrzebę rozwoju, a przede wszystkim – zmiany siedziby. Wyremontowana w latach pięćdziesiątych XX wieku sala utraciła swój blask, a liczba miejsc dla publiczności okazała się niewystarczająca. Filharmonicy potrzebowali większej i nowocześniejszej przestrzeni. Stąd w roku 2004 zrodził się pomysł zbudowania nowej siedziby Filharmonii.

W roku 2012 dyrektorem naczelnym Filharmonii została Dorota Serwa. W działaniach artystycznych wspierali ją pierwsi dyrygenci i dyrektorzy artystyczni, dyrygenci młodszego i średniego pokolenia o ugruntowanej pozycji w świecie artystycznym: Michał Dworzyński (2012/2013), Ewa Strusińska (2013-2015), a obecnie (od sezonu 2016/2017) Rune Bergmann.

Przełomowe wydarzenie w historii Filharmonii stanowiła inauguracja nowej siedziby we wrześniu 2014 roku, zbudowanej na miejscu rozebranego w 1962 roku Konzerthausu (1884). Poszczególne fazy realizacji projektu budynku, przygotowanego przez artystów z barcelońskiej pracowni Estudio Barozzi Veiga, nadzorowała Ewa Porada-Spieszny, pełniąca obecnie funkcję zastępcy dyrektora. Dwie sale koncertowe o znakomitej, cenionej w środowisku muzycznym, akustyce, symfoniczna z 951 miejscami oraz kameralna obliczona na 192 osoby, stały się przestrzenią niezwykle zintensyfikowanych wydarzeń muzycznych, trafiających do zróżnicowanych pod względem wieku oraz gustów muzycznych słuchaczy. Wszystkie parametry sali symfonicznej (siła, równomierność dźwięku, czas opóźnienia i współczynnik odbić bocznych) dają efekt porównywany do wzoru tego typu realizacji – sali koncertowej Musikverein w Wiedniu.

Nowa siedziba Filharmonii oraz działalność własnych i gościnnych dyrygentów, a także znaczne odmłodzenie i poszerzenie składu orkiestry (liczącej dziś ponad dziewięćdziesięciu muzyków) pozwoliły na dynamiczny wzrost poziomu zespołu. Dzięki temu możliwe jest poszerzanie repertuaru o dzieła dotąd w Szczecinie nigdy niewykonywane, a zarazem stworzenie jednej z najciekawszych i najbardziej zróżnicowanych ofert programowych zespołów symfonicznych. Co roku publiczność ma możliwość uczestniczenia w starannie przemyślanych, spójnych i zmieniających się w kolejnych sezonach cyklach koncertowych. Filharmonia stała się przestrzenią, w której rozbrzmiewa repertuar nie tylko klasyczny. Ten jednak stanowi z założenia centrum działań artystycznych.

Na zamówienie Filharmonii w Szczecinie powstały nowe dzieła kompozytorów takich jak Krzysztof Penderecki, Jerzy Maksymiuk, Zygmunt Krauze, Janusz Stalmierski, Jaromir Gajewski, Piotr Klimek, Miłosz Wośko, Adam Sztaba, Nikola Kołodziejczyk, Radzimir Dębski. Filharmonia stała się również głównym ośrodkiem muzyki kameralnej w Szczecinie. Goszczą w niej najlepsze zespoły o światowej renomie, jak choćby kwartety smyczkowe: Emerson, Belcea, Shaghai, Apollon Musagète czy dawniejsi i nowi laureaci konkursów chopinowskich. Obok nich występują w rozmaitych składach muzycy orkiestry, zyskujący możliwość rozwoju i zaprezentowania swych umiejętności w repertuarze kameralnym.

Poziom artystyczny zespołu oraz doskonałe warunki akustyczne obu sal koncertowych pozwalają na dokonywanie nagrań płytowych z muzyką symfoniczną (dzieła Mieczysława Karłowicza) i kameralną.

W nowej siedzibie powiększyła się także znacznie, wyrastająca z tradycji granych przez dziesięciolecia koncertów szkolnych, oferta edukacyjna, docierająca do dzieci i młodzieży.

Po transformacji społeczno-politycznej lat dziewięćdziesiątych Filharmonia stała się instytucją prowadzoną przez miasto Szczecin, a w roku 2017 jej współfinansowania podjęło się Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Dzięki uzyskanym ministerialnym dotacjom dokonano zakupu nowych instrumentów.

W ostatnich latach Filharmonia stała się nie tylko domem muzyki, ale również innych sztuk, tworząc interesującą i chętnie odwiedzaną przestrzeń wystawową na IV poziomie. Liczba rozmaitych wydarzeń (koncertów własnych i gościnnych, wzrasta z roku na rok, osiągając liczbę ponad czterystu w każdym sezonie.

Tym samym spełnia się wyrażone w dniu inauguracji pragnienie Doroty Serwy i zespołu Filharmonii: „Naszym marzeniem jest, aby Filharmonia stała się prawdziwym domem muzyki i, szerzej, sztuki, uczącym szacunku do historii, a zarazem twórczo i mądrze kreującym przyszłość”.